El Instituto Temazcalli cuenta con un Laboratorio que funciona en cumplimiento a la NORMA 166SSA1-1997 acreditando lo establecido en la Ley Federal de Metrología y Normalización así como su Reglamento.

Es atendido por personal con amplia experiencia en la elaboración de análisis toxicológicos  para la detección de diferentes sustancias como: marihuana, cocaína, opiáceos, anfetaminas, barbitúricos, benzodiacepínicos, etc.